【完全保存版】e-Tax確定申告2026|マイナンバーカードで自宅完結する手順とコツ

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【完全保存版】e-Tax確定申告2026|マイナンバーカードで自宅完結する手順とコツ

2026年（令和8年）を迎え、今年も確定申告の時期が迫っています。個人事業主やフリーランスの方々はもちろん、副業収入がある会社員、医療費控除やふるさと納税の申告をしたい方にとって、確定申告は避けて通れない一大イベントです。しかし、「手続きが複雑で面倒」「税務署に行く時間がない」といった悩みを抱えている方も多いのではないでしょうか。

その悩みを解決する鍵が、国税電子申告・納税システム「e-Tax」と「マイナンバーカード」の活用です。2026年現在、e-Taxの機能は大幅に進化し、マイナンバーカードを使えば、ほとんどの人が自宅のパソコンやスマートフォンから24時間いつでも、ペーパーレスで確定申告を完結できるようになりました。

この記事では、automationjp.comの編集部が、2026年に行う確定申告（2025年・令和7年分）に焦点を当て、e-Taxとマイナンバーカード方式を駆使して、初心者でもスムーズに自宅で申告を終えるための全手順と、知っておくべきコツを徹底的に解説します。青色申告の65万円控除や、投資の節税に繋がる情報まで網羅した完全保存版です。

e-Taxと確定申告の基礎知識

具体的な手順に入る前に、まずは「確定申告」と「e-Tax」の基本をおさらいしておきましょう。正しく理解することが、スムーズな申告への第一歩です。

そもそも確定申告とは？対象者は誰か

確定申告とは、1月1日から12月31日までの1年間に得たすべての所得を計算し、それに対する所得税額を算出して国に報告・納税（または還付）を受けるための一連の手続きです。2026年に行う確定申告は、2025年（令和7年）分の所得が対象となります。

確定申告が必要な主な対象者は以下の通りです。

• 個人事業主、フリーランス、農業従事者など: 事業所得や不動産所得などがあり、所得税額が発生するすべての方。
• 給与所得者（会社員など）で、以下に該当する方:
  • 給与の年間収入金額が2,000万円を超える。
  • 給与を1か所から受けていて、副業などの所得（給与所得、退職所得を除く）の合計額が20万円を超える。
  • 給与を2か所以上から受けていて、年末調整をされなかった給与の収入金額と、各種の所得金額との合計額が20万円を超える。
• 公的年金等の収入金額が400万円超の方。
• 株式や投資信託、FXなどの取引で利益が出た方（源泉徴収ありの特定口座で完結する場合を除く）。
• 確定申告をすることで税金が還付される方:
  • 年間の医療費が10万円（または総所得金額の5%）を超え、医療費控除を受けたい方。
  • 住宅ローン控除（初年度）を受けたい方。
  • ふるさと納税でワンストップ特例を申請しなかった、または6自治体以上に寄付した方。
  • 年の途中で退職し、年末調整を受けていない方。

自分は対象者ではないと思っていても、医療費控除やふるさと納税などで税金が戻ってくるケースは多々あります。一度ご自身の状況を確認してみることを強く推奨します。

e-Taxとは？3つの提出方法を解説

e-Tax（イータックス）とは、所得税や消費税などの申告、納税、申請・届出などの国税に関する各種手続きを、インターネットを利用して電子的に行えるシステムです。（出典: 国税庁ウェブサイト・2026年時点）

確定申告の提出方法は、大きく分けて以下の3つに分類されます。

1. e-Tax（マイナンバーカード方式）: 最も推奨される方法。マイナンバーカードと対応スマートフォン（またはICカードリーダライタ）があれば、自宅で全ての手続きが完結します。セキュリティも高く、青色申告特別控除65万円の要件も満たせます。
2. e-Tax（ID・パスワード方式）: 税務署で職員と対面による本人確認を行い、IDとパスワードを発行してもらう方式。マイナンバーカードが不要な手軽さがありますが、あくまで「暫定的な措置」と位置づけられており、将来的には廃止される可能性があります。
3. 書面提出: 国税庁のウェブサイトで作成した申告書を印刷し、税務署の窓口に持参するか、郵送で提出する方法。添付書類の提出が必要で、還付までの時間もe-Taxより長くかかります。青色申告特別控除も最大55万円に減額されます。

2026年現在、政府はデジタル化を強力に推進しており、e-Taxの利用率は年々上昇しています。令和5年分の所得税申告では、e-Tax利用率が67.9%に達しました。（出典: 国税庁「令和5年分所得税等確定申告の状況」・2025年） 今後、この流れはさらに加速することは確実であり、マイナンバーカード方式での申告がスタンダードとなっていきます。

【完全ガイド】e-Taxマイナンバーカード方式での確定申告手順

ここからは、本題であるマイナンバーカード方式でのe-Tax確定申告の具体的な手順を、ステップバイステップで解説します。初心者の方でも迷わないよう、準備から送信後の手続きまで詳しく説明します。

ステップ0: 事前準備編 - 必要なものチェックリスト

申告作業をスムーズに始めるために、まずは以下のものを手元に揃えましょう。直前になって慌てないよう、早めの準備が肝心です。

【ハードウェア・情報】

✅ マイナンバーカード
物理的なカードそのものが必要です。有効期限が切れていないか確認してください。

✅ マイナンバーカードのパスワード2種類

• 署名用電子証明書パスワード: 6～16桁の英数字。申告書データの送信（電子署名）時に使用します。5回連続で間違えるとロックされます。
• 利用者証明用電子証明書パスワード: 4桁の数字。マイナポータルへのログイン時などに使用します。3回連続で間違えるとロックされます。

※忘れてしまった場合は、お住まいの市区町村窓口で再設定が必要です。

✅ マイナンバーカード読取対応のスマートフォン、またはICカードリーダライタ
最近のスマートフォンはほとんどが対応していますが、念のため国税庁のサイトで対応機種を確認しておくと安心です。

✅ パソコンまたはスマートフォン
申告書の作成・送信に使用します。両方あると、PCで入力しスマホで読み取るなど連携が便利です。

✅ 「マイナポータル」アプリ
事前にスマートフォンにインストールし、利用者登録を済ませておきましょう。

【申告に必要な書類】

ご自身の所得や控除の種類によって必要な書類は異なります。代表的なものを以下にリストアップします。

✅ 収入・所得に関する書類

• 給与所得の源泉徴収票（会社員の方）
• 公的年金等の源泉徴収票（年金受給者の方）
• 支払調書（フリーランスなどで報酬を受け取っている方）
• 事業所得・不動産所得の青色申告決算書や収支内訳書（個人事業主の方）
• 特定口座年間取引報告書（株式や投資信託の取引がある方）

✅ 所得控除に関する書類

• 生命保険料控除証明書、地震保険料控除証明書
• iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金払込証明書
• 国民年金保険料控除証明書
• 寄附金の受領証（ふるさと納税、認定NPO法人への寄付など）
• 医療費の領収書や医療費通知（医療費控除を受ける方）
• 住宅借入金等特別控除申告書（住宅ローン控除2年目以降の方）

これらの書類の多くは、後述する「マイナポータル連携」でデータとして自動取得できますが、連携に対応していないものもあるため、原本は必ず手元に保管しておきましょう。

ステップ1: マイナポータル連携で情報取得を自動化

e-Taxの最大のメリットの一つが「マイナポータル連携」です。これにより、保険料控除証明書や医療費通知などの情報を、各機関から自動で取得し、申告書に反映させることができます。

マイナポータル連携のメリット

• 控除証明書のはがきを見ながら手入力する手間が省ける。
• 入力ミスを防ぎ、正確な申告ができる。
• ペーパーレス化が進み、書類の管理が楽になる。

連携手順

1. 国税庁「確定申告書等作成コーナー」にアクセスし、「作成開始」をクリック。
2. 「e-Taxとマイナポータルを連携しますか？」という質問に「連携する」を選択。
3. 画面の案内に従い、マイナポータルにログインし、e-Taxとの連携を許可します。
4. 連携後、申告書作成画面で「控除証明書等のデータを取得する」ボタンを押すと、ご自身が契約している保険会社や利用しているふるさと納税サイトなどからデータが読み込まれます。

2026年現在、生命保険会社、損害保険会社、証券会社、多くのふるさと納税関連団体、そして全国の健康保険組合等がこの連携に対応しています。ただし、全ての機関が対応しているわけではないため、取得できなかった情報は手動で入力する必要があります。

ステップ2: 国税庁「確定申告書等作成コーナー」での入力手順

準備が整ったら、いよいよ申告書の作成です。国税庁の「確定申告書等作成コーナー」は非常に分かりやすく設計されており、質問に答えていくだけで申告書が完成します。

1. 作成コーナーにアクセス: 公式サイトから「作成開始」ボタンをクリックします。
2. 提出方法の選択: 「e-Taxで提出 マイナンバーカード方式」を選択します。
3. 利用者認証: スマートフォンの「マイナポータル」アプリを起動し、PC画面に表示されたQRコードを読み取ります。その後、スマホでマイナンバーカードをスキャンし、利用者証明用電子証明書パスワード（4桁）を入力してログインします。
4. 申告内容に関する質問: 作成する申告書の種類（所得税）、申告内容に関する質問（給与所得、事業所得、医療費控除など）にチェックを入れていきます。ここでチェックした項目が、後の入力画面に表示されます。
5. 収入・所得金額の入力:
   • 給与所得: 源泉徴収票を見ながら、支払金額、所得控除の額の合計額、源泉徴収税額などを入力します。QRコード付きの源泉徴収票であれば、スマホで読み取るだけで自動入力も可能です。
   • 事業所得: 事前に作成した青色申告決算書や収支内訳書の数値を転記します。会計ソフトから出力したデータをインポートすることもできます。
   • 雑所得: 副業の原稿料や公的年金以外の年金などが該当します。収入と必要経費を入力します。
6. 所得控除の入力:
   • マイナポータル連携で取得した情報: 生命保険料控除や地震保険料控除など、ステップ1で取得したデータが自動で反映されているか確認します。
   • 手動入力: 連携できなかった控除や、医療費控除（通知情報以外の部分）などを入力します。医療費控除は、領収書を1枚ずつ入力するのではなく、医療を受けた人ごと、病院・薬局ごとに合計額をまとめて入力できます。

入力する項目が多く感じるかもしれませんが、一つ一つ画面の案内に従って進めれば問題ありません。途中で保存することもできるので、休憩を挟みながら焦らず進めましょう。

ステップ3: 株式・投資信託の利益を申告する際の注意点

近年、NISAの普及などで株式投資を始める方が増えていますが、投資で得た利益は原則として確定申告が必要です。特に注意が必要なポイントを解説します。

口座の種類による違い

• 特定口座（源泉徴収あり）: 最も一般的な口座。利益が出るたびに証券会社が税金（20.315%）を天引きしてくれるため、原則として確定申告は不要です。しかし、後述する「損益通算」や「繰越控除」を利用したい場合は、あえて確定申告を行う必要があります。
• 特定口座（源泉徴収なし）: 年間の損益計算は証券会社が行ってくれますが、納税は自分で行う必要があります。利益が20万円を超えた場合は確定申告が必須です。
• 一般口座: 年間の損益計算から確定申告・納税まで、すべて自分で行う必要があります。

年間取引報告書の活用

1月になると、各証券会社から「特定口座年間取引報告書」が交付されます。この書類には、1年間の取引による譲渡損益額や配当金の額などがすべて記載されています。確定申告書作成コーナーでは、この報告書の内容を転記するだけで、複雑な計算は不要です。

e-Taxとマイナポータル連携に対応している証券会社であれば、この年間取引報告書の内容も自動で取得できるため、さらに手間が省けます。

ステップ4: 送信と納税・還付の手続き

すべての入力が完了したら、いよいよ最終段階です。

1. 入力内容の最終確認: 計算された所得税額や還付金額が表示されます。入力に間違いがないか、申告書全体のPDFプレビューで最終チェックをしましょう。
2. 電子署名の付与: 「送信」ボタンを押すと、電子署名の付与が求められます。再度スマートフォンのマイナポータルアプリでマイナンバーカードを読み取り、今度は署名用電子証明書パスワード（6～16桁の英数字）を入力します。
3. データ送信: パスワードが認証されると、申告データが税務署に送信されます。
4. 受付結果の確認: 送信後、すぐに「受信通知」がメッセージボックスに格納されます。ここで「正常に受け付けました」という内容を確認できれば、申告手続きは完了です。この受信通知は申告書の控えとして重要なので、必ずPDFで保存しておきましょう。
5. 納税・還付:
   • 納税の場合: ダイレクト納付（口座引落）、振替納税（指定口座から後日引落）、クレジットカード納付、コンビニ納付など、様々な方法が選べます。クレジットカード納付は決済手数料がかかる点に注意が必要です。
   • 還付の場合: 申告書に入力した銀行口座に、後日還付金が振り込まれます。e-Taxで申告した場合、書面提出に比べて還付が早く、通常3週間程度で処理されます。（出典: 国税庁ウェブサイト・2026年時点）

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e-Tax提出方法の比較: マイナンバーカード方式 vs ID・パスワード方式 vs 書面

改めて、3つの提出方法のメリット・デメリットを整理します。なぜマイナンバーカード方式が最も優れているのかが一目瞭然です。

メリット・デメリット比較表

なぜID・パスワード方式は「暫定的措置」なのか

比較表からも分かる通り、ID・パスワード方式は一見手軽に見えますが、マイナポータル連携が使えないという大きなデメリットがあります。国税庁も公式に「マイナンバーカード及びICカードリーダライタが普及するまでの暫定的な対応」と明言しています。（出典: 国税庁ウェブサイト・2026年時点）

これは、将来的にはこの方式が廃止され、マイナンバーカード方式に一本化されることを示唆しています。初回に税務署へ行く手間を考えると、最初からマイナンバーカード方式に慣れておくことが、長期的には最も効率的で賢明な選択です。

ひふみ投信

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e-Tax利用の落とし穴と対策 - よくある失敗例

便利なe-Taxですが、思わぬところでつまずくこともあります。よくある失敗例とその対策を知っておきましょう。

マイナンバーカードのパスワードロック

最も多いトラブルがパスワードのロックです。署名用電子証明書（6～16桁）は5回、利用者証明用電子証明書（4桁）は3回連続で入力を間違えるとロックがかかり、e-Taxが利用できなくなります。解除するには、平日の日中に本人が市区町村の窓口へ出向く必要があり、大きな時間ロスになります。

対策: パスワードは事前にメモなどで正確に確認し、絶対に見ながら入力しましょう。もし不安なら、1回間違えた時点で一度立ち止まり、深呼吸してから再入力するくらいの慎重さが必要です。

マイナポータル連携の過信

マイナポータル連携は非常に便利ですが、万能ではありません。連携に対応していない保険会社や自治体もありますし、データが連携されるタイミングによっては、一部の情報が反映されないこともあります。

対策: 「連携＝全ての入力が不要」と過信せず、必ず手元にある控除証明書や領収書の原本と、自動入力された数値を突合して確認する癖をつけましょう。あくまで「入力補助機能」と捉えるのが正解です。

スマートフォンの機種変更に伴うトラブル

確定申告の時期にスマートフォンの機種変更をすると、マイナポータルアプリの再設定や、電子証明書の移行手続きなどで混乱することがあります。

対策: 可能であれば、確定申告期間中（1月～3月）の機種変更は避けましょう。もし変更する場合は、旧端末でマイナポータルの「引継ぎ設定」を事前に行い、新端末での再設定手順をよく確認してから実行してください。

申告期限間際のシステム混雑

例年、申告期限である3月15日間際になると、全国からアクセスが集中し、国税庁のサーバーが重くなったり、一時的に繋がりにくくなったりすることがあります。

対策: これはもう「早めに着手する」しかありません。2月の中旬から下旬を目安に、余裕を持ったスケジュールで申告作業を開始することを強く推奨します。早めに終わらせれば、万が一間違いがあっても期限内に修正する時間的余裕が生まれます。

DMM株

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確定申告で得する税金とコストの話

確定申告は義務であると同時に、税制上の優遇措置を活用して賢く節税するチャンスでもあります。e-Taxがどのように節税に貢献するのか、具体的に見ていきましょう。

青色申告特別控除65万円を最大限活用する

個人事業主にとって最大の節税メリットの一つが「青色申告特別控除」です。正規の簿記の原則（一般的には複式簿記）に従って記帳し、期限内に申告することで、所得金額から一定額を控除できます。

• 65万円控除: 以下のいずれかを満たす場合
  1. e-Taxによる申告
  2. 優良な電子帳簿保存
• 55万円控除: 上記を満たさず、書面で期限内に申告した場合
• 10万円控除: 簡易な簿記で申告した場合（白色申告よりは有利）

つまり、e-Taxで申告するだけで、書面提出よりも控除額が10万円もアップします。所得税率20%の方であれば、これだけで「10万円 × 20% = 2万円」の節税になります。e-Taxを利用しない手はありません。

投資の利益と節税 - 損益通算と繰越控除

株式投資などで利益が出た場合、税金を納める必要がありますが、損失が出た場合に確定申告をすることで、税金の負担を軽減できる制度があります。

• 損益通算: 複数の証券口座を持っている場合、例えばA証券での利益とB証券での損失を相殺することができます。これにより、課税対象となる利益を圧縮できます。
• 繰越控除: 損益通算してもなお損失が残った場合、その損失を翌年以降最大3年間にわたって繰り越し、将来の利益と相殺することができます。

これらの制度は、自動的には適用されません。自ら確定申告を行うことではじめて利用できる節税策です。たとえ「源泉徴収ありの特定口座」で普段は申告不要の方でも、損失が出た年や、過去の損失を繰り越している場合は、確定申告をすることで大きなメリットが得られます。

これから投資を始める方、または複数の証券会社を使い分けたいと考えている方には、取引コストを抑えることも重要です。例えば、ネット証券の中には手数料の安さを強みとしている会社があります。

ふるさと納税と確定申告

ふるさと納税は、寄付額のうち2,000円を超える部分が所得税と住民税から控除されるお得な制度です。会社員などに便利な「ワンストップ特例制度」がありますが、以下の場合は利用できず、確定申告が必要になります。

• 寄付した自治体が年間で6か所以上になった場合
• そもそも個人事業主などで確定申告が必要な場合
• 医療費控除など、他の理由で確定申告をする場合

確定申告をする場合は、ワンストップ特例の申請は無効となります。すべてのふるさと納税の寄付について、「寄附金控除」として申告書に入力する必要があります。マイナポータル連携を使えば、主要なふるさと納税サイトからの寄付情報を自動で取得できるため、申告の手間が大幅に軽減されます。

アフィリエイト提携先サービス紹介

確定申告は、自身の経済活動を見直す良い機会でもあります。ここでは、将来の資産形成に役立つサービスを、確定申告との関連性も踏まえてご紹介します。

松井証券（ネット証券）

株式投資を始める際、特に初心者の方が気になるのが取引手数料です。松井証券は、1日の約定代金合計が50万円以下の場合、株式取引手数料が無料という特徴を持っています。（出典: 松井証券ウェブサイト・2026年時点）

少額から投資を始めたい方や、頻繁に売買するデイトレーダーでなければ、この範囲内で取引コストを気にせず投資を試すことができます。もちろん、特定口座（源泉徴収あり）に対応しており、前述した損益通算や繰越控除のための確定申告も可能です。投資で利益や損失が出た際の確定申告を学ぶ上でも、コストを抑えながら実践できる良い選択肢となります。

＞＞松井証券で手数料を抑えて投資を始める

ひふみ投信（アクティブ型の投資信託）

「自分で個別株を選ぶのは難しい」と感じる方には、専門家が運用方針に基づいて銘柄を選定・運用する投資信託も選択肢の一つです。ひふみ投信は、主に日本の成長企業に投資するアクティブファンドとして知られています。

投資信託で得た分配金や売却益も、株式と同様に課税対象です。特定口座を利用すれば申告手続きを簡略化できますが、複数の金融機関で損益を通算したい場合などは確定申告が必要になります。e-Taxでの申告方法は、証券会社から送られてくる年間取引報告書を使えば、株式の申告と何ら変わりません。将来の資産形成を考え、こうしたプロに任せるタイプの投資を検討するのも一手です。ただし、アクティブファンドは市場平均を上回るリターンを目指す一方で、運用コストがインデックスファンドより高くなる傾向があり、将来の成果を保証するものではなく、元本割れのリスクも伴います。

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e-Tax確定申告に関するよくある質問（FAQ）

最後に、e-Taxでの確定申告に関して多くの方が疑問に思う点をQ&A形式でまとめました。

Q1: 昨年はID・パスワード方式で申告しましたが、今年はマイナンバーカード方式に切り替えられますか？

A: はい、全く問題なく可能です。国税庁「確定申告書等作成コーナー」の最初の画面で、提出方法として「マイナンバーカード方式」を選択するだけで切り替えられます。過去に使用していた利用者識別番号（16桁の番号）は共通で引き継がれますので、ご安心ください。

Q2: 医療費控除は、領収書をすべて入力しないといけませんか？

A: いいえ、その必要はありません。マイナポータル連携で健康保険組合などから「医療費通知情報」を取得すれば、その合計額を1行で入力できます。ただし、通知情報に反映されていない期間（通常11月、12月分など）や、ドラッグストアで購入した市販薬、交通費などは反映されないため、それらは手元の領収書を元に集計し、別途「医療費の領収書から入力する」項目で追加する必要があります。なお、申告に使用した領収書は5年間の保存義務があります。

Q3: 副業の収入が20万円以下なら申告は不要ですよね？

A: 「所得税の」確定申告は不要ですが、「住民税の」申告は必要です。所得税のルール（20万円以下は申告不要）と住民税のルールは異なります。住民税にはこの20万円ルールがなく、所得の多少にかかわらず市区町村へ申告する義務があります。ただし、所得税の確定申告を行えば、その情報が自動的に市区町村に連携されるため、別途住民税の申告をする手間が省けます。そのため、副業所得が20万円以下であっても、確定申告をしてしまうのが最も簡単で確実な方法です。

Q4: 確定申告の内容を間違えて送信してしまいました。どうすればいいですか？

A: 申告期限（通常3月15日）内であれば、何度でも正しい内容で申告書を作成し、再度e-Taxで送信することができます。最後に送信されたデータが正式な申告として受理されます。もし期限を過ぎてから間違いに気づいた場合は、税金を多く払いすぎていたなら「更正の請求」、少なく申告していたなら「修正申告」という別の手続きが必要になります。いずれにせよ、気づいた時点ですぐに手続きを行いましょう。

Q5: スマートフォンだけでも確定申告は完結しますか？

A: はい、2026年現在、ほとんどの申告内容でスマートフォンのみでの完結が可能です。マイナンバーカードの読み取りに対応したスマートフォンとマイナポータルアプリがあれば、パソコンがなくても申告できます。実際に、給与所得のみで医療費控除やふるさと納税を行うといったシンプルな申告であれば、スマホの操作性は非常に高いです。ただし、事業所得の入力など、項目が多い場合は画面の大きいパソコンの方が作業しやすいと感じる方も多いでしょう。ご自身の申告内容に合わせて使い分けるのが賢明です。

ココナラ

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まとめ: 2026年の確定申告はマイナンバーカード方式でスマートに

本記事では、2026年（令和8年）に行う確定申告（2025年分）について、e-Taxとマイナンバーカードを活用して自宅で完結させるための手順とコツを詳細に解説しました。

改めて、e-Taxマイナンバーカード方式のメリットをまとめます。

• 時間と場所の節約: 24時間いつでも、自宅から申告できる。
• コスト削減と節税: 添付書類の郵送代が不要。青色申告で65万円控除が適用できる。
• 手続きの簡略化: マイナポータル連携で各種証明書データを自動入力できる。
• スピーディな還付: 書面提出より還付金が早く振り込まれる。

確定申告は、多くの人にとって年に一度の面倒な義務かもしれません。しかし、e-Taxという強力なツールを使いこなせば、その負担は劇的に軽減されます。特にマイナンバーカード方式とマイナポータル連携は、年々進化しており、これからの確定申告のスタンダードです。

成功の鍵は、「早めの準備」と「正しい知識」です。この記事を参考に、必要な書類を揃え、余裕を持ったスケジュールで申告作業に臨んでください。マイナンバーカードのパスワード確認、マイナポータルアプリの準備など、今からできることもたくさんあります。

デジタル化の恩恵を最大限に活用し、2026年の確定申告をスマートに、そして正確に乗り切りましょう。